Die Studentin Sydney Bristow entdeckt, dass ihr nicht ganz alltäglicher Nebenjob als Agentin bei einer streng geheimen Unterabteilung der CIA namens SD-6 einige tödliche Geheimnisse birgt, die nicht nur ihr Leben in Gefahr bringen, sondern auch die gesamte Welt bedrohen.

Als die schüchterne, einsame Sydney im ersten Jahr an der Uni von einem Agenten angesprochen wurde, ergriff sie die Gelegenheit beim Schopf, ihrem nicht sehr aufregenden Leben Bedeutung zu geben. Damals konnte sie nicht ahnen, wie gut sie sich als Spionin machen würde. Inzwischen ist Sydney weder schüchtern noch allein. Ihr Freund Danny hat ihr gerade einen Heiratsantrag gemacht, und auch ihre beste Freundin Francine ist glücklich mit ihrem Charlie. Nur Will muss den Glücklichen mimen, ist er doch selber in Sydney verliebt.
 Diese befindet sich nun in einem Gewissenskonflikt: Was will sie wirklich im Leben, und was soll sie ihren Freunden und ihrem zukünftigen Ehemann erzählen? Dixon, ein treuer Familienvater und Sydneys Partner bei SD-6, warnt sie davor, Danny ihr Geheimnis zu verraten. Sydney weiß außerdem, daß Sloane, der Chef von SD-6, keinen Sicherheitsverstoß duldet. Als Sydney dennoch das Protokoll verletzt und Danny von ihrem geheimen Leben erzählt, gerät ihre Welt völlig aus der Bahn. Danny wird ermordet, und plötzlich muss Sydney um ihr Leben kämpfen. Sie erfährt, dass der ihr schon seit der Kindheit fremd gewordene Vater ebenfalls für SD-6 arbeitet, und dass die Organisation ein niederträchtiges Ziel verfolgt: Sie ist in Wirklichkeit keine Abteilung der CIA, sondern ein Feind der USA.