Nach einem gefährlichen Auftrag meldet sich Sydney bei dem CIA-Agenten Vaughn und erzählt ihm von ihrer Mission und der Organisationsstruktur von SD-6. In ihrer neuen Rolle als Doppel-agentin ist Sydney fest entschlossen, SD-6 innerhalb weniger Wochen zu zerstören. Vaughn führt ihr jedoch vor Augen, daß SD-6 viel größer ist, als sie sich vorgestellt hat. SD-6 besteht nicht nur aus dem Büro in Los Angeles, für das sie arbeitet, sondern erstreckt sich auf über 200 Gruppen und Kontaktpersonen.

Reporter Will findet heraus, dass Danny, Sydneys toter Verlobter, einen Flug nach Singapur gebucht hatte. Sydney ist über diese Nachricht erschüttert. Wieder bei SD-6, wird Sydney von Sloane angewiesen, nach Moskau zu fliegen und den Verkauf einer gestohlenen Akte mit Informationen über geheime Sowjetisch-Amerikanische Nukleararsenale zu verhindern. Anschließend führt Sloane Sydney in sein Büro, wo ihr Vater auf sie wartet. Er erzählt seiner Tochter, dass er das Flugticket für Danny gekauft habe, um ihn vor SD-6 in Sicherheit zu bringen. In Moskau gibt sich Sydney als Zimmermädchen aus, um Zugang zum Raum des CIA-Vertreters zu bekommen, der das Geld für den Deal bereithält. In Partykleidung eilt Sydney zum Club und nimmt einen schnellen Austausch der zwei Disketten mit den Dateien vor.

Den Dateien auf den Disketten entnimmt Sloane, dass sich noch aus der Zeit des Kalten Krieges eine Atomwaffe irgendwo in den USA befindet. Die Suche nach der Bombe führt Sydney zu einem Friedhof in Virginia, wo sie auf einem Grabstein den Namen ihres Kontaktmannes Ivanow entdeckt. Als sie das Grab öffnet, entdeckt sie die Bombe, die sofort mit einem zweiminütigen Countdown beginnt.