Eine FBI-Abteilung für besondere Ermittlungen, DSR genannt, untersucht Sydneys Verbindung zu der Zeichnung im Rambaldi-Manuskript, während sie in Brasilien ist. Nach ihrer Rückkehr wird sie von der DSR, die sich mit paranormalen Phänomenen beschäftigt, körperlichen und psychischen Tests unterzogen, denn man hat inzwischen einen Teil des Textes von Rambaldi, der als "Prophezeiung" bezeichnet wird, dekodiert. Im Gegensatz zu Devlin, dem Leiter der CIA, ist Haladki bereit, die DSR in ihren weit hergeholt erscheinenden Verdächtigungen zu unter-stützen. Inzwischen hat SD-6 anhand von Sydneys Aufnahmen den hinter Sark und Cole stehenden "The Man" identifiziert: Es ist Alexander Khasinau, ein ehemaliger KGB-Agent. Sloane möchte Khasinau umgehend beseitigen lassen, doch die Allianz der Zwölf will darüber abstimmen.

Sydney vermutet, dass die CIA nicht über den richtigen Schlüssel verfügt, um die "Prophezeiung" zu entziffern. Sie beschließt, gemeinsam mit Vaughn in den Vatikan einzubrechen, wo sich der Original-Schlüssel Rambaldis befindet. Zurück in Los Angeles übergibt Vaughn der CIA den Code-Schlüssel.

Die DSR verhaftet Sydney und man enthüllt ihr die "Prophezeiung": Eine Frau mit genau den körperlichen Merkmalen Sydneys werde die größte Macht in völlige Verwüstung stürzen, wenn sie nicht vorher aufgehalten werden kann.