Nach der mißlungenen Aktion in Madagaska ist Vaughn mißtrauisch gegenüber Jack. Er vermutet, dass Jack für die Sprengstoffladungen verantwortlich ist. Darüber hinaus wurde er als Sydneys Verbindungsmann abgezogen und Jack an seiner Stelle eingesetzt. Sydney ist nicht begeistert, dass Vaughn ihr nicht länger zugeteilt ist, doch will sie nichts davon wissen, dass ihr Vater sie in Gefahr gebracht haben soll.

SD-6 hat erfahren, dass die Triade 16 Waffen der nächsten Generation in Budapest entwickelt. Sydney und Dixon werden los geschickt um Dateien darüber von Server herunterzuladen und Aufnahmen von den Waffen zu machen. Die Waffen stellen sich als Kinder heraus. Zurück in LA erklärt Sloane das diese Kinder als Sleeper programmiert werden, wobei sie sich an das einmonatliche Training im nachhinein nicht erinnern.

Während Vaughn durch Zufall an den Beweis für Jacks Aktionen gelangt, findet Sydney durch eine Hypnosesitzung heraus, dass auch sie als Kind ebenfalls ein Sleeper-Training durchlaufen hat - bei ihrem Vater. Jetzt kann sie nicht länger die Augen vor Vaughns Worten verschließen. Als sie Jack damit konfrontiert, bestreitet er es nicht und Sydey ist durch seinen Verrat tief verletzt.