45 Zwei Jahre

Vaughn versucht Sydney in aller Kürze über die Ereignisse ins Bild zu setzen und sie hört ihm zunächst ruhig zu. Mit einem Mal greift sie Vaughn jedoch an da sie annimmt, dass er nicht wirklich Vaughn ist. Ihr Fluchtversuch wird jäh beendet, als Vaughn sie mit einem Beruhigungspfeil außer Gefecht setzt.

Wieder in LA erfährt Sydney, dass sich sehr viel in den vergangenen zwei Jahren ereignet hat. Vaughn ist nicht länger bei der CIA, Dixon ist CIA-Direktor und ihr Vater sitzt seit Monaten in Haft. Um ihrem Vater helfen zu können und selbst nicht an den Schreibtisch verbannt zu werden, bis klar ist, wo sie in den letzten zwei Jahren war, gibt Syndey vor, das Gebäude zu kennen, dass Weiss mit einem Team stürmen soll. Der Plan geht auf und Sydney wird in das Team aufgenommen. In Frankreich geht jedoch alles schief und lediglich Weiss und sie überleben. Sydney ist in einer Zwickmühle und entscheidet sich, die Pläne, hinter denen die CIA her ist, auf eigene Faust zu besorgen. Nachdem sie sie an sich gebracht hat, geht Sydney zu Lindsey, dem Direktor der NSC, der für die Inhaftierung ihres Vaters verantwortlich ist, und erpreßt ihn um die Freilassung Jacks. Widerwillig geht Lindsey auf den Handel ein.