In der russischen Stadt Sovogda herrscht völliges Chaos. Sloane und Elena ist es gelungen einen roten Ball über der Stadt zu platzieren, der offensichtlich gemeinsam mit der Substanz im Trinkwasser für die Agressionen der Einwohner verant-wortlich ist. Vaughn und Sydney fliegen nach Ibiza um sich einen engen Mitarbeiter Elenas, Lucien Nisard, vorzuknöpfen. In den Daten der PDA, die Vaughn an Marshall übermittelt, findet Marshall das Projekt Helix erwähnt. Von Sydney befragt, gibt Nisard schließlich zu, dass von Irina eine Kopie erstellt wurde. Jack hat nicht Irina, sondern ihre Doppelgängerin erschossen. Irina selbst wird von Elena in Guatemala vestgehalten.

Mit Nadia und Jack fliegt Syd nach Lateinamerika um ihre Mutter zu befreien und gemeinsam mit ihr Elena und Sloane zu stoppen. Doch kaum wird in Langley bekannt, dass Irina befreit ist, veranläßt man dort ihre Verhaftung. Mit Mühe kann Sydney Direktor Chase davon überzeugen, dass es nur mit Irinas Hilfe gelingen kann, eine Katastrophe in Russland zu verhindern.