Als Sydney nach dem Zusammenstoß zu sich kommt, registriert sie schnell, dass etwas mit den Rettungskräften nicht stimmt. Ihr gelingt die Flucht, Vaughn muss sie dabei jedoch zurücklassen. Während sie sich anschließend im Krankenhaus durchchecken läßt, taucht Gordon Dean auf, ein Agent des Office of Special Investigation. Er erklärt ihr, dass Vaughn in Verdacht steht ein Doppelagent zu sein und man annimmt, dass der Verkehrsunfall inzeniert wurde um ihn rauszuholen.

Auf Vaughn wird unterdes ebenfalls Druck aufgeübt. Ein Mann namens Curtis möchte von ihm einen Zettel mit Zahlen dechiffriert haben. Als man Vaughn damit droht Sydney nach und nach die Finger abzuhacken um seine Kooperation zu erzwingen, gibt sich Vaughn geschlagen. Er bittet Curtis ihm die Schulter einzukugeln, damit der schreiben kann. Kaum das dieser der Aufforderung nachgekommen ist, greift Vaughn ihn an und ihm gelingt die Flucht. Er setzt sich mit Sydney in Verbindung und bittet sie ihn mit der Uhr seines Vaters in Rom zu treffen.

Als sie dort erscheint erklärt er, dass sein richtiger Name Andre Michaux lautet und sein Vater ursprünglich Mathematiker war. Vor sieben Jahren sei eine gewisse Renee Rienne zu ihm gekommen und habe ihm dies berichtet und das sein Vater in ein streng geheimes Projekt names "Prophecta Chinque" involviert war. Seit dem versuchen sie gemeinsam mehr über das Projekt zu erfahren. Mit der Uhr als Identitätsbeweis treffen sich Vaughn und Sydney mit einem anderen Mitarbeiter des Projekt James Lehman. Dieser erklärt ihnen, dass man eine Reihe von ausgezeichneten Wissenschaftlern und Linguisten für dies Projekt rekrutierte um ein rund 500 Jahre altes Dokument zu decodieren. Nachdem dies gelungen war, wurden die Mitarbeiter des Projekts suksessive ermordet. Als Vaughns Vater Wind davon bekam, änderte er seine und die Identität seiner Frau und seines Sohnes. Lehman berichtet weiter, dass sich das Buch in Kapstadt befindet und wenn Vaughn und Sydney es zu ihm bringen könnten, er in der Lage sei, es wieder zu entschlüsseln.

Während Vaughn und Syd das Buch an sich bringen, erhält Sydney die Nachricht, dass sie schwanger ist. Als sie auf Lehman warten um das Buch zu übergeben, schwelgen beide in dem gemeinsamen Glück. Doch die Übergabe geht schief. Eine dritte Partei taucht am Treffpunkt auf, tötet Lehman und verletzt Vaughn so schwer, dass dieser im Krankenhaus verstirbt.